包皮手术的麻醉方式，可以分为局麻和全麻两种。在国内应用阴茎根部局部麻醉最多，在阴茎的根部取两侧的侧边，或者在阴茎的顶端腹侧各扎一针，所以麻药可能需要打3-4针，主要常用的麻药是利多卡因。通常在注射后5-10分钟都可以起效，但个体的差异会比较大。
在欧美的成人包皮手术，更多采用的是全麻，采用可能最多的方式是使用喉罩全麻，所以就要按照麻醉科的要求进行处理，包括从肘静脉推注麻醉药品，还有喉罩吸入等。总之，现在的包皮手术无论是采取根部的神经阻滞麻醉，还是采用全麻，通常麻醉的效果都会比较满意。
包皮手术麻醉时间可以持续到术后的1个小时以内，在术后可能龟头主要还呈现麻木的状态。通常在术后3-4个小时，患者才可能会感到手术区疼痛较重，但经过一夜后，会有显著的缓解。